本来の正規手順ではオイルシールの劣化・磨耗に伴うオイル漏れは、こういった問題が起こらないようにオーバーホールと併せてシールを交換するようになっていたかと思います。工賃をどれくらい払ったのか判りませんが、「シール交換分」しか請求されなかったのではないでしょうか？仮にそうなら余りお金を掛けないように応用動作として搭載したままシールだけ外して新品を打ち直す（交換する）と言うやり方があります。

このやり方は二つ問題点がありますが、一つ目は作業者の腕です。外す際に鉤針のような物で引っかけて外しますが
、この時にシャフトに傷を入れてしまうと滲みが止まらなけなります。また打ち込む深さが正しくないと同様にシールの意味を成しません。
もう一つはシャフトにシールのゴムかへばりついている場合と経年劣化や塩害で錆びてシールが張り付いていた場合です。前者はシャフトを単体にすれば洗浄できますが、搭載状態では残置されますから滲みの原因となる可能性があります。ただ軽い付着の場合しばらく（数十〜数百キロ）走ると古いシールが剥がれ落ちると共に新しいシールがなじんで滲まなくなったりします。
後者も軽い錆びならシールのカスと同様にしばらくすると磨かれて滲みが止まったりします。

こういった馴染みの期間が容認できないのならシャフトを新品にするしか無いのですし、シャフトがだめならいくら待っても無駄です。そこで先ずは「しばらく乗ってダメなら」の「しばらく」が必要な理由と「ダメ」か「ダメじゃない」を見極めるのに費やせる期間（クレーム対応してもらえる期間）について再度説明してもらうのが良いように思います。

因みに私が自分で作業した際にはやはり滲み（オイルの滲みはシール交換前よりは格段に減少）いろいろ思案しましたが、半年（この頃は通勤には使っていなかったので、月３〜４００キロ程度の走行距離）ぐらいして止まり今に至っています。

動作音については所詮貨物車ですし、ディーラーの言うとおり経年劣化や磨耗である程度の音は致し方ないかと思います。重要なことは不具合や不具合に至る可能性がある異音なのか否かではないでしょうか。
オイルを新油に換えると磨耗物質や汚れ・ホコリ混じりの経年劣化で粘度が変化したトロトロの廃油からサラサラなものになりますから、使用過程車の場合にはかえって作動音が大きくなる場合も散見されます。その上、ディーラーの純正油脂類は新車でそこそこの性能を発揮するように設定されていますから、磨耗の進んだ使用過程車では適切な粘度や油脂特性とは言い難いものがあります。仮に磨耗等によるギア類の内部作動音だとした場合（抜本的対策がオーバーホールであることはとりあえず横に置いておいて）、どうしても音を減少させたいと言うのであれは社外品の中から現車に合う物をチョイスされると言う選択肢もあるかと思います。

何れにせよ、折角プロの整備士さんが見ているのですから、「車について詳しくないので説明されても良くわからないかも知れませんが自分の車なので少しでも理解を深めたいので、素人でもわかるように説明して下さい」ぐらいのつもりで納得できる説明を求めるのが解決への近道に思えるのですが如何でしょうか。